С самого начала Смутного времени с 1603 года для тогда еще митрополита Гермогена начинается самый тяжелый путь его жизни, который и прославил его как одного из самых ревностных защитников православной веры и Отечества. Он был одним из немногих, кто воспротивился незаконному браку Лжедмитрия с католичкой Марией Мнишек. За это его выслали из столицы в Казань. Самозванец и сам был вскоре свергнут, и царем провозгласили Василия Ивановича Шуйского (11 июня 1606 г.). Через некоторое время патриархом стал митрополит Гермоген, который прославился не только как мужественный пастырь, не преклонивший своей головы перед самозванцем, но и как «муж зело премудростью украшенный, в книжном учении изящный и в чистоте жития известный». Промысел Божий готовил его на протяжении всей жизни для того, чтобы стать предстоятелем в Русской Церкви в судьбоносное время не только для нее, но и для всего Отечества.
Власть Шуйского была непрочной, так как по всей стране ходили слухи, что Дмитрий спасся. Не прошло и года как объявился новый самозванец. Менее чем за год он смог со своим войском добраться до Москвы.
Видя все это, патриарх Гермоген начал рассылать по стране свои грамоты, в которых убеждал людей не верить в слухи про чудом спасшегося царевича, описывал гибель Лжедмитрия и то, какие чудеса происходят от мощей настоящего сына Иоанна Грозного. Духовенство многократно с амвона прочитывало перед народом эти грамоты. На многих это оказало положительное влияние, и они переставали этому верить.
Не только через грамоты пришлось вразумлять народ, но и живым словом. Так, 17 ноября 1609 года ему удалось в Москве на Лобном месте образумить толпу, которая хотела свергнуть Шуйского и посадить на трон Лжедмитрия II. После этого Святитель Гермоген пишет напрямую сторонникам самозванца: «Посмотрите, как Отечество наше расхищается и разоряется чужими; какому поруганию предаются святые иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиющая к Богу! Вспомните, на кого вы подымаете оружие: не на Бога ли, сотворившего вас? Не на своих ли братьев? Не свое ли Отечество разоряете?». Благодаря авторитету Патриарха Шуйскому удалось продержаться на троне до июля 1610 года. После вся власть оказалась в руках бояр, которые хотели видеть царем польского принца Владислава.
Патриарх Гермоген отказывался видеть католика царем Православной Руси, но представители знати были непреклонны. И Святитель вынужден был пойти на уступки, выдвинув лишь одно, но самое главное условие: он помажет на царство Владислава. Только если тот откажется от латинской веры и примет православие.
В октябре 1610 года поляки вступили в Москву, Боярская дума решила во всем отдаться польскому королю и отправила сию грамоту своим послам, находящимся в ставке у захватчиков. Но лишь Патриарх оставался непреклонен - он отказался подписывать ее. За это на него один из бояр бросился с ножом. Святитель на это ему смиренно ответил, что «ножа твоего не боюсь, ограждаюсь от него силою Креста Христова».
Бояре все-таки отправили свою капитуляцию. Но послы, находящиеся у поляков, решительно отказались принимать сию грамоту без подписи Патриарха, говоря, что «без царя патриарх у нас главный и мы не пойдем против него».
Господь не оставил без ответа на молитвы все труды Московского Первосвятителя Гермогена, и вскоре в стране назревает перелом, когда русские люди начинают собираться под лозунгом «Объединимся и выгоним литовских людей из Москвы». Все были вдохновлены личным подвигом Патриарха, и вскоре собралось первое ополчение под стенами Москвы, которое желало прогнать поганых поляков из столицы. Бояре направились к Патриарху, чтобы он потребовал разойтись ополченцам. На что Святитель сказал: «Напишу, чтобы возвратились по домам, но только под условием, если ты и все с тобой изменники и люди короля выйдете вон из Москвы. Если нет, то я благословляю всех довести начатое дело до конца, ибо вижу попрание истинной веры от еретиков и от вас, изменников, и разорение Св. Божиих Церквей и не могу более слышать пение латинского в Москве»
За это патриарха поместили под домашний арест и приставили польский караул и начали угрожать ему голодной смертью, чтобы он приказал отступить ополчению от Москвы, но патриарх был непреклонен. Но, к сожалению, у Первого ополчения не получилось изгнать поляков из Москвы, и по молитвам Святителя Гермогена было организовано Второе ополчение под руководством Кузьмы Минина и Дмитрия Пожарского, которое в итоге и освободило Москву.
В своем заточении Патриарх Гермоген пробыл год, написав из него только одно послание, в котором он призывал народ до конца стоять за Православную веру, прекратить грабеж и убийства в стране. Он не дожил до освобождения столицы, не выдержал физически всех тягостей заключения, и на 83 году своей жизни отошел ко Господу 17 января 1612 года, оставив о себе память как о ревностном пастыре, полагающем душу свою за други своя.
Священник Александр Бондарев