Сначала оно действовало только экономическими ограничениями, налогами и лишением гражданских прав «схизматиков» — так называли католики исповедующих православие. Однако эти методы были мало результативны. Тогда к делу унии были привлечены войска. Начались гонения, которые еще более усилились со смертью последнего православного епископа. «Дикий фанатизм короля Сигизмунда и иезуитов, — писал один из современников этих событий, — не уступал в свирепости языческим гонителям христианства». Православных силой сгоняли в униатские храмы, заставляя совершать молебствия о здравии римского папы. Чтобы еще более унизить чувства верующих латинское духовенство переезжало от храма к храму в повозках, в которые вместо лошадей впрягали до 20 и более «схизматиков». Сопротивляющихся избивали, бросали в тюрьмы и лишали жизни как государственных преступников.
Оставшись без своих архипастырей, православные, чтобы хоть как-то противостать гонениям, стали объединяться в братства. Главной же опорой Восточной Церкви на территории Польско-Литовского государства в это тяжелое время стало казачество. Именно благодаря его силе, сдерживающей порой безумный фанатизм униатов, православие сумело выжить в Польше, Литве, Белоруссии и Украине.
В 1620 году, возвращаясь из Москвы в Святую землю, по территории Западнорусской митрополии проезжал Иерусалимский патриарх Феофан. Он получил разрешение от польского правительства посетить православные монастыри, церкви и временно остановился в Киево-Печерской обители — сердце казачьей республики. Ее глава — казачий гетман гарантировал патриарху защиту и свободу. Сюда же, под предлогом празднования престольного праздника монастыря — Успения Божией Матери, собрались делегаты от православных союзов и братств со всех районов Польско-Литовского государства. Тайно, под покровом ночи в Киево-Печерском монастыре состоялся собор Западнорусской митрополии. На нем патриарх Феофан восстановил православную иерархию. Были избраны, а затем рукоположены митрополит и несколько епископов. Православные люди радовались восстановлению законной церковной власти. Многие приходы в разных областях Польского королевства, узнав, что для их епархии поставлен православный епископ, письменно заявляли о своей поддержке новому архиерею.
Новость о восстановлении православной иерархии вызвало сильнейшее раздражение униатских иерархов. Узнав о свершившихся хиротониях, они подали донос Сигизмунду, в котором называли патриарха турецким шпионом и возмутителем покоя в королевстве. Король был разгневан. Он объявил патриарха Феофана, подлежащим аресту и суду, но было уже поздно. Сопровождаемый казаками, патриарх благополучно добрался до границы. Тогда весь гнев был вымещен на православном люде. Приверженцы унии с благословения своих епископов и с одобрения власти устраивали погромы православных дворов, храмов и монастырей. Среди них особенной ненавистью к «схизматикам» отличался Полоцкий униатский епископ Иосафат Кунцевич. За свою жестокость он получил прозвище «кровавый душехват».
В его епархии всем православным священникам запрещалось появляться в местах, где находились церкви. Они лишались права совершать богослужения и таинства. В случае же неповиновения — им рубили головы, их топили в реке или вешали. «Схизматиков» запрещалось хоронить на кладбищах и служить по ним панихиды. Тех же, кого хоронили, ослушавшись приказа, он велел выкапывать и бросать трупы на съедение собакам. В ответ жители многих городов взялись за оружие. В свою очередь Кунцевич засыпал короля доносами, пока не добился прибытия войска для усмирения непокорных. Жестокость Полоцкого епископа к православным была столь сильна, что литовский канцлер написал униатскому митрополиту: «Владыка Иосафат… надоел и омерзел народу как в Полоцке, так и везде. Мы опасаемся, как бы эта уния не стала причиной нашей погибели… Ваша милость, держи его в узде». Однако видя, что даже митрополит не может повлиять на вздорного епископа канцлер писал и самому Кунцевичу: «Ваша святость позволяет грабить схизматов и отрубать им головы, но Евангелие учит совершенно иным вещам. Уймитесь, а то Ваши действия могут привести к государственной смуте…» Получив письмо от канцлера, Иосафат еще с большим рвением стал насаждать унию, желая даже умереть за нее.
Вновь избранный патриархом Феофаном епископ Полоцка, направил грамоту, где призвал православных под свое покровительство. Это еще более разозлило «кровавого душехвата». Приехав в Витебск, Кунцевич нашел все городские храмы пустыми. Жители посещали православные богослужения за городом, в специально устроенных шалашах. Униатский епископ приказал уничтожить не только шалаши, но и всех православных священников Витебска. Это переполнило чашу терпения. Горожане взялись за камни и колья. 12 ноября 1623 года они разогнали охранников епископа, ворвались в его дворец и убили ненавистного им «душехвата». Боясь восстаний в других городах, правительство жестоко наказало жителей Витебска. После смерти Кунцевича притеснения православных усилилось по всей стране. Гонения стали настолько жестокими, что в 1624 году православный митрополит Иов обратился к русскому царю с просьбой принять Малороссию в свое подданство.
Несмотря на всем известные свидетельства зверств Кунцевича в отношении православных христиан, в середине XIX века папа Римский канонизировал Иосафата и провозгласил его святым покровителем Польши и России. Римский епископ назвал Кунцевича «апостолом мира и единения», окончательно разъединив тем самым Восточную и Западную христианскую Церковь.