В царской Москве стало уже привычным принимать не только посольства от других православных Церквей, но и самих Восточных патриархов, приходящих для сбора милостыни на церковные нужды. Русские государи и митрополиты со всей широтой и щедростью встречали и одаривали посланцев с Востока, не забывая в тоже время подчеркивать свободу и независимость от них Русской Церкви.
В 1586 году на Русь прибыл Антиохийский патриарх. Царь велел сделать ему несколько почетных встреч по пути в Москву. Однако ни он сам, ни русский митрополит в этих встречах не участвовали. Лишь только через неделю по прибытии в столицу патриарх был приглашен в царский дворец. Здесь в Золотой палате его принял государь, восседавший на троне в полном царском одеянии, окруженный боярами и окольничими. Золотое убранство палат, блеск и сияние одежд царя и его окружения поразили патриарха. По воспоминаниям современников, «он, казалось, остолбенел и не мог пошевельнуться. Сопровождавшие его епископы, под руки подвели ошеломленного патриарха через всю залу к русскому царю, а тот, лишь привстал, принимая благословение от высокого гостя». Пригласив патриарха на царский обед, что считалось на Руси высшей честью, государь велел ему посетить Успенский собор, где русский митрополит намеревался служить литургию. Поспешив туда, патриарх застал там еще более ошеломляющую картину. В блеске паникадил от тысячи горящих свечей, среди икон и рак, обложенных золотом и драгоценными камнями, окруженный бесчисленным сонмом духовенства, в жемчужных ризах стоял русский митрополит. Приложившись к святым иконам, патриарх направился к митрополиту. Тот лишь на полшага сошел со своего места навстречу титулованному гостю и первым преподал ему благословение. Оторопевший патриарх только теперь осознал номинальность своего сана перед реальной главой действительно великой Церкви. «Смутившись, — как отмечает летописец, — он вторым благословил митрополита и еле слышно произнес, что пригоже было наперед митрополиту от него благословение принять, да и перестал о том».
Уезжая из Москвы с богатыми дарами, Антиохийский патриарх был напутствован русским царем исходатайствовать перед другими Восточными патриархами решение учредить на Руси патриаршество. Государева просьба была удовлетворена, но исполнение ее откладывалось из-за своеволия турков.
Султан в очередной раз сменил патриархов и разграбил Церковь. Вновь назначенному Константинопольскому первоиерарху было не до того, чтобы решать вопрос о русском патриаршестве. Все церковное достояние было разграблено, здание его резиденции обвалилось, а сама патриаршая церковь обращена в мечеть. Нужно было строить новый храм, средств же для этого не было. Тогда патриарх с разрешение султана предпринял путешествие в Россию за милостыней.
Однако в России его ждали с другой целью. Узнав о приезде Цареградского патриарха, вся столица пришла в движение. Многие хотели видеть первосвятителя Византии, матери Русской Церкви, впервые посещавшего Русь. Патриарх с нескрываемым любопытством смотрел на многолюдство русской столицы, красоту ее церквей и удивлялся народному благочестию. Процессия шедшая к царю постоянно останавливалась, не имея возможности идти дальше из-за большого стечения народа. Люди просили благословения и радостно приветствовали Вселенского патриарха. С такой же любовью и вниманием он был принят царем. Рассказывая государю о причине приезда, патриарх «обливался слезами, как пишет летописец, и жаловался на жестокость и самовольство турецкого султана, непрестанно восклицая: "Где же, кроме России, смогу я найти усердие, жалость и щедрость для всего восточного православия?"». Однако царь был в недоумении, не услышав главного — про избрание на Руси патриарха. Узнав о желании царя, глава Константинопольской Церкви прекрасно понимал, что, отказав царю в его просьбе, отношение к нему русских резко поменяется. А с этим будут разбиты и все надежды на восстановление поруганной Вселенской патриархии за счет русских денег. Пол года он обдумывал свое решение, живя все это время в Москве.
В конце концов согласился, сказав: «Да исполнится воля царская! Ведь на всей земле лишь один благочестивый царь — русский. Потому здесь подобает быть Вселенскому патриарху, в старом же Царьграде за наши согрешения вера христианская изгоняется от неверных турок. Благословлю и поставлю того, кого изберет самодержец». Русский царь указал на главу Русской Церкви — Московского митрополита Иова. Когда собор утвердил это решение царя, митрополит Иов ответил: «Я раб грешный; но если церковный собор удостаивает меня этого великого сана, то приемлю его с благодарением и нимало вопреки глаголю». И по сей день эти слова первого патриарха повторяет по традиции вновь избранный первосвятитель Русской Церкви.
26 января 1589 года в Успенском соборе Кремля при огромном стечении народа совершилось торжество поставления первого Московского патриарха. Покидая Москву с богатыми дарами, глава Византийской Церкви оставил русскому царю особую грамоту об учреждении в Москве патриаршества.
Возвратившись в Константинополь в 1590 году, патриарх созвал собор всей Восточной Церкви. На нем он объявил, что поставил в Москве патриарха Иова и утвердил право Московского собора впредь самому избирать и поставлять себе патриархов. Другие Восточные первоиерархи признали это решение вполне законным. Собор также постановил считать Московского патриарха равным по чести и достоинству прочим четырем православным патриархам и определил ему пятое место в диптихе Восточных патриархов, после Константинопольского, Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского. Однако не смотря на это соборное определение, Русский первоиерарх фактически как был, так и остался надеждой и опорой всего восточного христианства.