По замыслу императора с 1721 года Церковью, вместо Патриарха, стал руководить коллегиальный орган – Святейший Правительствующий Синод, который подчинялся лично самодержцу, через его «царёво око» обер-прокурора. Де-факто Петр I и его преемники стали таким образом во главе не только государства, но и Церкви.
Это противоречило самой природе Церкви, у которой Глава – Христос, а Патриарх – Предстоятель, первый среди равных собратьев-епископов, молитвенно предстоящих Христу. Идею упразднения патриаршества и новую форму управления Церковью как организацией Петр I перенял из Англии, где короли, начиная с Генриха VIII, возглавляют и страну, и Церковь. Этим нововведением император хотел ослабить Русскую Церковь, в которой видел противника преобразований.
Для проведения церковной реформы Петр I сделал ставку на выходцев из Малороссии (территория современной Украины). Первым его сподвижником стал митрополит Стефан (Яворский), а когда стало ясно, что в нем он не обрел верного помощника и единомышленника в преобразованиях, то приблизил к себе игумена (впоследствии архиепископа) Феофана (Прокоповича).
Обоих этих священнослужителей объединяло то, что они получили высококлассное европейское образование, в отличие от великорусских архиереев, к которым до этого больше прислушивались при дворе. Европейски образованные выходцы из Малороссии настолько оказались по душе царю, что был даже период, когда только их и позволялось ставить в архимандриты и архиереи.
Феофан Прокопович. Парсуна
Стефан Яворский (1658-1722) и Феофан Прокопович (1661-1736) свое первоначальное высшее богословское образование получили в Киево-Могилянской академии, основанной в 1615 году. Потом, по традиции того времени, они, как и многие ее выпускники, продолжали обучение в европейских католических учебных заведениях, так как только там в тот период можно было получить углубленные знания в области богословия, патристики, философии, риторики и т.п.
Все желающие учиться в Европе переходили в униатство, а после окончания обучения, вернувшись на Родину, приносили покаяние в измене вере, но западническое мировоззрение в душах в большей или меньшей степени все-таки оставалось.
В Москве в то время духовенство не могло получить системное богословское образование. Первое, подобное европейским университетам, учебное заведение было открыто в Москве лишь в 1687 году братьями Лихудами, названо оно было Славяно-греко-латинской академией, но из-за молодости учебного заведения его выпускники отставали в подготовке от выпускников Киево-Могилянской академии.
О том, что для духовенства России необходимо специальное и систематическое образование говорил еще, обращаясь к пастырям, царь Иоанн Грозный на Стоглавом соборе в 1551 году в главе 26 «О училищех книжных по всем градом». Члены собора признали необходимым создание таких учебных заведений, куда нужно отбирать наиболее грамотных, благочестивых священников и диаконов, чтобы они могли в страхе Божием учиться письму, церковному пению и чтению «налойному» (то есть богослужебных книг) во время совершения богослужения. Также ученики должны были изучать Священное Писание и христианскую письменность.
Но в итоге, по ряду причин, эта полезная задумка царя не была воплощена в жизнь.
Г. А. Афонасьев. Стефан Яворский
В XVI веке духовенство практически перестает с амвона говорить проповеди и назидать народ. Об этом нам ярко свидетельствует эпизод в биографии Патриарха Никона, когда его, еще простого священника Никиту, за его начитанность и умение проповедовать в Нижнем Новгороде приметили купцы (для них проповедь была как диковина), и по их просьбе его назначили в один из храмов Москвы.
А через полвека именно благодаря своей проповеди на похоронах воеводы Шеина игумен Стефан (Яворский) обратил на себя внимание Петра I, и тот его в скором времени назначил митрополитом Рязанским и Муромским.
Отсутствие в России богословских школ в XVI-XVII веках и приближение к царскому двору малороссийского духовенства, которое приветствовало любые преобразования императора, привело к тому, что большинство духовенства не смогло грамотно противостоять реформам, которые противоречили старинным устоям Православной Церкви.
Священник Александр Бондарев, газета "Логосъ"